本片讲述了男主角为找出双亲的死因，离开弟弟与叔叔，想加入杀手组织，却因为良知未泯，过不了杀手入门测试，最后惹来集团追杀。。为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」加入后，与涅洛伊的殊死战斗逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？。