当世界徘徊在毁灭的边缘时，迪特里希·邦霍费尔加入了暗杀希特勒的致命阴谋，冒着信仰和命运的危险，将数百万犹太人从种族灭绝中拯救出来。。1992年，日政府在关西的筑波建立国际哥斯拉对策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团到达亚度诺亚岛时，发现了一只完整无缺的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击考察团一行人。这时哥斯拉亦在亚度诺亚岛出现，两只怪兽由海上战斗到陆上……。