因为父母催婚，宁岁和顾深从高中同学变成了契约夫妻。在同居中他们渐渐喜欢上彼此，却发现对方竟是商业敌人，间谍版先婚后爱的恋曲奏响，他们陷入了纠葛的爱意...。故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。。